Ο έλεγχος γονιμότητας στον άνδρα ξεκινά με ένα πλήρες ατομικό και οικογενειακό ιστορικό συμπεριλαμβανομένου και σεξουαλικού ιστορικού. Στη συνέχεια ο ειδικός ανδρολόγος θα εξετάσει κλινικά τον άνδρα αναζητώντας χαρακτηριστικά σημεία που μπορεί να υποδηλώνουν κάποια διαταραχή σχετιζόμενη με την υπογονιμότητα.
Μετά τη κλινική εξέταση ακολουθεί ειδικός υπερηχογραφικός έλεγχος του ουροποιητικού αλλά και του γεννητικού συστήματος. Το υπερηχογράφημα του προστάτη αδένα και ειδικά το υπερηχογράφημα οσχέου για την αναζήτηση κιρσοκήλης αλλά και για τη μελέτη της μορφολογίας των όρχεων, είναι εξετάσεις που προσφέρουν πολύτιμες πληροφορίες.
Αφού ολοκληρωθεί ο κλινικός και απεικονιστικός έλεγχος ακολουθούν αιματολογικές εξετάσεις που θα προσδιορίσουν το ορμονικό προφίλ του άνδρα για την αναζήτηση ορμονικών διαταραχών. Επίσης αν απαιτηθεί ορμονοθεραπεία οι εργαστηριακές εξετάσεις συμβάλλουν στην επιλογή του είδους της ορμονοθεραπείας αλλά και στην παρακολούθηση της πορείας της θεραπείας. Καθοριστικής σημασίας είναι το σπερμοδιάγραμμα. Είναι η εξέταση που θα βοηθήσει καθοριστικά στη διάγνωση και στον καθορισμό του προβλήματος αλλά και στη θεραπεία.
Σε ορισμένες βαρύτερες περιπτώσεις ανδρικής υπογονιμότητας, όπως την αζωοοσπερμία, είναι απαραίτητος ο γενετικός έλεγχος για αναζήτηση χρωμοσωμικών διαταραχών στο DNA του άνδρα ή και μεταλλάξεις που να σχετίζονται με το πρόβλημα. Επίσης, ειδικές αναλύσεις και καλλιέργειες σπέρματος για μικρόβια ή και άλλες ουσίες μπορεί επίσης να διερευνηθούν και να αντιμετωπιστούν με την κατάλληλη φαρμακευτική αγωγή.